O FreeBSD fornece compatibilidade binária com muitos outros clones do Unix, incluindo o Linux. A razão por trás disso está em poder utilizar programas desenvolvidos para Linux, geralmente comerciais, que só são distribuídos em forma binária e que por isso não podem ser portados para o FreeBSD sem a vontade de seus criadores.
Esta extensão permite que os usuários usem a maioria dos programas que são distribuídas apenas em binários Linux. Quando comparado com o número de programas nativos disponíveis pelo Ports, a quantidade desses programas é insignificante.
Alguns aplicativos que podem ser utilizados sobre a compatibilidade Linux incluem StarOffice, Netscape, Adobe Acrobat, RealPlayer, VMware, Oracle, WordPerfect, Skype, Doom 3, Quake 4, a série Unreal Tournament, Beonex e outros. Geralmente não há perda de performance na utilização de binários Linux em vez de programas nativos do FreeBSD.
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